Der Stiftungsrat erlässt die Statuten und Reglemente der Institution. Ausserdem wählt er die Mitglieder des wissenschaftlichen Beirats und legt dessen Kompetenzen fest, ernennt und beaufsichtigt den Direktor, genehmigt den Tätigkeitsbericht, das Arbeitsprogramm sowie die Jahresrechnungen und -budgets.
Er setzt sich aus Vertreterinnen und Vertretern der Universität und der Stadt Neuenburg sowie der Konferenz der Beauftragten für Natur- und Landschaftsschutz (KBNL) und der Akademie der Naturwissenschaften Schweiz (SCNAT) zusammen:
- Präsident: Prof. Dr. Felix Kessler, Professor des Biologie-Instituts der Universität Neuenburg und Vize-Rektor der Universität Neuenburg
- Vize-Präsidentin: Ursina Wiedmer, Biologin, Leiterin der Abteilung Naturschutz des Amtes für Landschaft und Natur des Kantons Zürich - Vertreterin der Konferenz der Beauftragten für Natur- und Landschaftsschutz (KBNL)
- Prof. Dr. Etienne Piguet, Professor des Geografie-Institutes - Vertreter der Universität Neuenburg
- Monsieur Ludovic Maggioni, Direktor des Naturhistorischen Museums Neuenburg - Vertreter der Stadt Neuenburg
- Monsieur Blaise Mulhauser, Direktor des Botanischen Gartens Neuenburg
- Yann Clavien, Biologe, Leiter der Sektion Natur und Landschaft des DWNL des Kantons Wallis - Vertreter der Konferenz der Beauftragten für Natur- und Landschaftsschutz (KBNL)
- Lukas Berger, Leiter des Forums Biodiversität Schweiz - Vertreter der Akademie der Naturwissenschaften Schweiz (SCNAT)