Il Consiglio di fondazione redige gli statuti e i regolamenti dell'istituzione. È inoltre incaricato dell'elezione dei membri e della definizione delle competenze del Consiglio scientifico, della nomina e del controllo delle attività del direttore, dell'approvazione del rapporto e del programma di attività, dei compiti e del budget annuale.
È composto da rappresentanti dell 'Università e della città di Neuchâtel, nonché della Conferenza dei delegati per la protezione della natura e del paesaggio (CDPNP) e dell'Accademia svizzera di scienze naturali (SCNAT):
- Presidente: Prof. Dr. Felix Kessler, Professeur à l’institut de biologie de l’Université de Neuchâtel et Vice-recteur recherche - Représentant de l’Université de Neuchâtel
- Vicepresidente: Madame Ursina Wiedmer, biologiste, directrice du département protection de la nature au service cantonal paysage et nature du Canton de Zurich - Représentante de la Conférence des délégué∙e∙s à la protection de la nature et du paysage (CDPNP/KBNL).
- Prof. Dr. Etienne Piguet, professeur à l'institut de géographie - Représentant de l’Université de Neuchâtel.
- Monsieur Ludovic Maggioni, directeur du musée d’histoire naturelle de Neuchâtel - Représentant de la Ville de Neuchâtel
- Monsieur Blaise Mulhauser, directeur du Jadin botanique de Neuchâtel
- Monsieur Yann Clavien, biologiste, chef de la Section nature et paysage du SFNP du Canton de Valais - Représentant de la Conférence des délégué∙e∙s à la protection de la nature et du paysage (CDPNP/KBNL)
- Monsieur Lukas Berger, chef du Forum Biodiversité Suisse - Représentant de l’Académie Suisse des Sciences Naturelles